Пикировку проводят через 10-14 дней после посева, в зависимости от густоты стояния сеянцев. Сеянцы пикируют в горшочки. Для стимулирования развития дополнительной корневой системы пикировать томаты необходимо так, чтобы подсемядольное колено полностью находилось в почве.
Между корнем и почвой не должно быть воздушных прослоек. Непосредственно после пикировки необходимо произвести полив, который будет способствовать лучшей приживаемости сеянцев. Ночную температуру в этот период необходимо постепенно понижать до 18-190С. Через 3-4 дня проводят ремонт пикированной рассады.
По данным украинских производителей получение рассады через пикировку не гарантирует сохранения хорошего качества корневой системы, что задерживает вхождение в стадию плодоношения. Растения томатов, полученные из пикированной рассады, дают урожай на 1 – 2 кг меньший, чем урожай из кассетной рассады. Молдавские ученные констатируют, что данный агроприем задерживает поступление ранней продукции на 7 – 10 дней, а на общей урожайности не сказывается. Применение кассет при выращивании сеянцев и перевалка их в более объемные горшочки позволяет избежать негативных последствий пикировки.
В зависимости от типа субстрата полив рассады проводят водой или питательным раствором с заданной концентрацией солей.
Разница между дневной и ночной температурами в период выращивания рассады должна быть небольшой, что позволит получить компактное растение с хорошим листовым аппаратом.
Повышение температуры в начальный период выращивания могут привести к вытягиванию растений и в конечном итоге снижению товарного качества и урожайности.
Если томаты выращивались в горшках диаметром 10 см и использовался правильно приготовленный субстрат, то до момента посадки растения можно не подкармливать, или подкормить один за неделю до посадки.